质谱分析是先将物质进行离子化，按离子的质荷比分离，然后测量各种离子谱峰的强度而实现分析目的一种分析方法。质谱分析技术有着高灵敏度，高精准度等特点，能够准确快速地鉴定蛋白质。但质谱又是如何鉴定蛋白质的呢？

图1：蛋白质谱技术的概述

1、原理

目前对于蛋白质质谱检测方法主要有两种，一种是“自上而下”的分析方式，另一种是“自下而上”的分析方式，其中“自下而上”法在目前的蛋白质组学研究中应用最多。

1.1 “自上而下”的分析方式是将完整的蛋白质直接进行鉴定，在蛋白质同素异构体和翻译后修饰的鉴定方面有一定优势，但该种鉴定方法的缺点在于直接将蛋白质在气相中分离、电离和碎裂都较为困难，目前主流的检测方法很难见到其踪影。

1.2 “自下而上”的分析方式是将蛋白质酶解为多个肽段后进行鉴定，基于各个蛋白独有的一些肽段序列来实现蛋白的检测鉴定，该方法的好处在于其将蛋白质酶解为一个个单独的肽段，更容易被分离、电离、碎裂鉴定，对蛋白质的鉴定更为准确。

图2：蛋白定性分析方式的区别

2、蛋白质谱的基本分类

蛋白质定性质谱（Protein Identification）：用于确定样品中的蛋白质种类，常用于IP、CO-IP、pulldown等产物的鉴定。

蛋白质定量质谱（Proteomics Quantification）：用于确定样品中蛋白质的相对或绝对丰度变化，我们常规的非标记定量和基于同为素试剂的标记定量方法均属于相对定量范畴，可以检测到各个样本中蛋白的相对丰度。绝对定量一般是用于验证特定指标的时候，通过靶向质谱，同时合成目标蛋白的标准品肽段进行标曲构建，进而实现绝对定量。

常规非靶向定量蛋白组也就是我们常说的蛋白组学检测又可以分为标记定量和非标记定量的方法，非标记定量即每个样本进行独立的质谱检测，样本和样本之间的检测存在先后的关系，而质谱是一个高精度的仪器，容易受到外界的一些干扰，所以该方法不同样本之间的平行性相对差一些，但优势是步骤简单、价格较低；

而标记定量及引入同位素的标签，对不同样本的所有蛋白肽段进行标记，标记后的所有样本可以混合为一个样本（混合后的来自于不同样本的蛋白肽段能够被质谱通过同位素标签的方式进行识别），这样实现了多个样本的同步测量，解决了批次的问题，并且对于一次检测的深度也可以加深，实现更多蛋白的检测。

图:3：蛋白定量分析方式的区别