非标记定量技术（Label Free）用来比较的样品不经过任何标记，直接酶解后经过质谱分析产生数据。通过软件对谱图进行归一化后，比较对应的质谱峰的强度，峰面积等一系列因素，来确定蛋白质在几组样本中的相对表达量变化。它是一种不依赖于同位素标记的新型蛋白质定量技术，该技术通过液质联用对蛋白质酶解肽段进行分析，无需昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样本中相应肽段的信号强度，就能对相应的蛋白质进行相对定量。

  技术原理：

  非标记定量蛋白质组学已成为越来越重要的质谱定量方法，按照其原理主要分为两种：

  Spectrum counts类的非标记定量方法：发展比较早，已经形成多种定量算法，但主要原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。

  另一种非标记定量方法的原理是以MS1为基础，计算每个肽段的信号强度在LC-MS色谱上的面积积分。

  应用领域：

  疾病标志物筛选

  作用机制研究

  药物作用靶点研究

  特殊功能蛋白质筛选

  植物抗逆研究

  疾病的分子分型

  产品优势：

  •不需要昂贵的标记

  直接根据一维色谱及一级质谱的峰面积进行蛋白定量，不需要同位素标记，实验耗费低

  •实验要求高

  对液相色谱分离及串联质谱鉴定的稳定性和重复性要求较高，需要有足够的技术重复以确证结果的可靠性

  •样品不受限制，无标记偏差

  与标记技术相比，非标记技术对于样品数量无限制，克服了标记定量技术在对多个样本进行定量和定性方面的缺陷，并且克服了标记定量技术对于某些不易标记的蛋白/肽段检测效果不好的缺陷

  技术路线：

  分析内容：

  蛋白质组鉴定；

  Unique肽段数分布；

  肽段长度分布；

  肽段质量误差分布；

  蛋白覆盖度分布；

  定量信息统计；

  蛋白质丰度比（FC）分布；

  差异蛋白质的功能注释（两个或以上样品）；

  差异蛋白质的GO和KEGG富集分析（两个或以上样品）；

  差异蛋白质互作网络。

  样品要求：

  1.样品类型：总蛋白；

  2.样品总量：>500mg（新鲜组织样）; >300ug-500ug（提取蛋白量）。

  3.样品重复：三个生物重复或技术重复

  案例分析：

  1、胚胎发育期间果蝇的黑腹果蝇蛋白质组学

  本研究以在产卵后每4.5小时收集果蝇胚胎（0-4.5小时，4.5-9小时，9-13.5小时， 18小时和18-22.5小时）进行蛋白质组研究。本研究为不同时期和不同方法下的差异蛋白质的鉴定提供了思路。

结合SWATH和DDA label-free定量在胚胎发育期间检测蛋白质组

  参考文献：

  1. Fabre B, Korona D, Groen A, et al. Analysis of Drosophila melanogaster proteome dynamics during embryonic development by a combination of label‐free proteomics approaches[J]. Proteomics, 2016, 16(15-16): 2068-2080.