荧光花菁染料是一类有机功能染料，具有摩尔吸收系数高、光谱范围广、摩尔吸光系数大、荧光量子产率较高等特性。花菁染料与现有的其它荧光标记试剂如罗丹明、荧光素相比更具有优越性，花菁染料的类型众多，发光分布在350nm到1200nm的区域中，具有很大的可比性和选择性。它们与生物分子键合后的活性衍生物能同时测试多种物质，有利于简化操作、降低成本。菁染料具有荧光强度大、光稳定性高、灵敏度高、易溶于水等特性，并且用作生物实验时具有大的组织穿透能力和对生物组织损伤小等特点。

菁染料的代表物质CY3、CY5均是常用于分子标记的荧光标记试剂，此类物质由于荧光强度高、稳定性强，广泛用于蛋白、抗体、核酸及其他生物分子的标记和检测。

同时，菁染料的***大吸收波长较大，λ的数值都会超过600 nm，因此，菁染料在近红外区应用于荧光标记效果很理想。同样，通过引入不同的基团，对菁染料的母体结构有很大影响，从而改变菁染料的光谱性质。另外，菁染料的荧光量子效率相比其他染料较低。

此外，菁染料（聚甲川菁染料）是一类优良的荧光染料，由奇数个碳原子组成共振次甲基（甲川基）共轭链并被两个含氮杂环封端构成的一类共轭有机小分子体系。

菁染料通常都是疏水，为了增加这类染料的亲水性，我们往往会引入强亲水性的磺酸基团来改善其水溶性，Cy5 NHS ester（疏水性），Sulfo-Cy5 NHS ester（亲水性）。